Vanity of vanities

Kei Koba in CER, Kyoto University, Japan

おさらいちゅう

モデルについての意見をおさらい中。


結局Wさんが熱弁をふるっていたことと同じになってしまうけれど

1 レーザーやリモートセンシングなどによる(超)ハイスループット同位体比測定によるsimulationのcalibration

2 同位体分別による特異的なプロセスの探知

の二極化なのではないかとは思う。


しかし、前者は何とも、、、という感じではあるし(自虐的に好きではあるけれど)、後者はもうちょっと真剣にやらないと、いつまでたっても何をやっているんだか、という批判に答えられない。


1については、もうちょっと希望を見いだすために

1' ハイスループット同位体比測定・複数同位体比測定・CSIAによる見えないフローの探索

とくらいには何とかしたいものだけれど。もう少し具体的にいえば、モデルに載せてこなかったフローを載せるか載せないのかというところまでは同位体はコミットできないといけない。


もうちょっと怪しくいえば
1'' aggregateされた訳のわからない情報としての同位体比(とにかく何かが違うから値が違う)


しかし、本当に454シークエンスのようなもの(って全然知らないけれど)が進んできて(今や本体1500万円くらいとな?)、僕らの分野でいったらメタゲノム的なアプローチが当然になってくる数年後を見据えるとしたら、果たして、濃度測定や同位体比測定ってどういう意味を持つのだろう?というか、持たせるべきなのだろう?真剣に考えないとまったく意味のないデータを積み重ねてしまうだけだ。


群集と機能が結びつかないというのはもう飽き飽きなのだけれど、どうしたらいいのかというのはぼくのような人間にはなかなかアイディアが浮かばない。アイディアの話ではなく、現在考えられていることですら、きちんとできていないというのが実際か。


たとえばパイロシークエンスで、木崎湖の24mのゲノム情報がどさっと出たとする。その中には確かにactiveなものも存在するだろうけれど、どれだけがinactiveなのか。可能性がないものはない、ということだけはもちろん確かだろうけれど、たとえばアナモックスなんておそらくそうそう簡単にゲノム情報は失われないのではないか。当たり前のところに落ち着くわけだけれど、地球惑星のK先生の話じゃないが、ゲノムはゲノム、活性とは違う。

本拠地はこちら http://www.ecology.kyoto-u.ac.jp/~keikoba/