メタボロームやらないと、と思うのだけど、、、やったことないし、まぁ何かやればいいのだろうけれど、、、、cDOMでも思うことなんだけど(そんなやったことないけど)、たとえば化合物が100万あるとして、そこのほんの一部分、、、たとえばまぁ15%くらいを見ることができたとして、それで何か言っていいのだろうか。
メタボロームって、いろいろかっこいいなんちゃらMSとかMSMSとかMSMSMSとかつかったらものすげー分解能でいろいろ見れるんだろうな、、と想像するんだが(こんな適当な描写しかできないのだけれども)、たとえば
この論文(山口さんも挙げてらっしゃるけれど)、自分もおお、かっこええ、ってFさんとJさんに「こんなのできるといいんだけどね」とすぐに送った、、、のだけれどね、Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry (FTICR-MS)、やん、つかってるの。かっちょいいやつ。2020年は特にとにかくメタボロームと微生物群集とかの論文をあさっては、methodみて、かっちょいいMS、、、いや、自分たちが使えるシングル四重極GC/MS以外だとそっと閉じる、、、、みたいなことを繰り返してきているのですよ。
このSeaMetっってのをやってみたいんですけどね。これならうちでもできるし、共同利用にも展開できるし、もしも13Cとか15Nとかまで入れ込んでMassWorksにお願いしたら、うまいこと同位体ラベル化合物の解析とかできるんじゃない?とか、、、
でも、きりがないのよね。ぜったい。自分がreviewerだったら「そんな限られた化合物データセットで何を言うつもりなのよ」とか書いちゃう。
いや、代謝に重要な化合物は網羅できてる、とか、いや、abundance的に重要な化合物は網羅できてる、とか、言いたいけれど、どうせきちんといえない、、、せめて、rank-abundanceを化合物で出して、その化合物のturnover rateとか13Cとかで見れたら、microbial-chemo diversityな話(なにこれ)が面白く見えるんじゃないかなぁ、、と(microbial turnoverはqSIPでやるとして)。
あと5年くらい、なんとか、もっと同位体を使ってもらえるように、というのの一環として、こういうトレーサー測定をできる環境を整える、ってのが目標、、なんだけどなーどうだろうなー GC/MS一つでどこまで戦えるか、ってのいいとおもうんだけどなぁ、、、結構いろいろなところであるし(IRMSに比べたら30倍くらいアクセスしやすい気がするし)。
微生物でももう少し大きな生物でも、いろいろいるね、いろいろつながっているように見えるね、はOK。その先、の、さらにその先で、なんとか貢献できるように自分をupdateしないといけないのだけれど。うぐぐ。